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Ribonuclease R(Rnase R) 核酸外切酶

簡(jiǎn)要描述:

Ribonuclease R(Rnase R) 核酸外切酶公司正在出售的產(chǎn)品:人多功能干細(xì)胞 細(xì)胞色P450 7A1封閉多肽/7a羥化封閉多肽 鴨肝炎病毒型PCR檢測(cè)試劑盒 大鼠維生B12(VB12)ELISA檢測(cè)試劑盒 土壤堿性蛋白(SALPT)活性比色法檢測(cè)試劑盒 橙色鹽單胞菌 原鈣粘蛋白γA12抗體

更新時(shí)間:2024-01-14

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Ribonuclease R(Rnase R) 核酸外切酶

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規(guī)格

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Ribonuclease R(Rnase R) 核酸外切酶

500U

A-PJ1136

Ribonuclease R(Rnase R) 核酸外切酶

5000U

A-PJ1136

QQ截圖20240110094643.jpg

RNase R 來(lái)源于 E.coli,通過(guò)基因工程重組表達(dá),該酶為 Mg2+依賴的 3’-5’核糖核酸外切酶。其可消化所有線性 RNAs 底物,但不能消化環(huán)狀 RNA(circular RNA)、套索 RNA(lariat RNA)、雙鏈 RNA、3’突出端<7nt 的雙鏈RNA。本酶可高效的去除不含二級(jí)結(jié)構(gòu)的線性 RNA,從而純化獲得環(huán) RNA 分子,用于后續(xù) RNA-sequencing 等實(shí)驗(yàn)。

活性定義:在 20 mM Tris-HCl(pH7.5),100 mM KCl,0.5mM Mg2+條件下, 37°C 下水解 1 μg 的 poly-r(A)產(chǎn)物,所需酶量為 1 個(gè)活性單位。10xRNase R Buffer:200 mM Tris-HCl, 1 M KCl,5 mM
MgCl2,pH7.5
酶儲(chǔ)存液:20 mM Tris-HCl, 100 mM NaCl, 1 mM DTT ,50% Glycerol, 0.1% (w/v) Tween-20, pH 7.5。
儲(chǔ)存:置于-20°C 可保存 3 年,避免反復(fù)凍融。
使用方法
1. 配制反應(yīng)體系
RNA 1-10 μg
10xRNase R Buffer 2.5 μl
Rnase Inhibitor (40 U/μl) 0.5 μl
RNase R (20 U/μl) 1-2 μl
DEPC-treated Water up to 25 μl
2. 37℃孵育 30-60min,反應(yīng)完畢后可加入 5 mM EDTA終止反應(yīng)。
使用注意事項(xiàng):
(1) 在 total RNA 的消化中,由于含有二級(jí)結(jié)構(gòu)較多的RNA,如 tRNA、rRNA、dsRNA 等,RNase R 對(duì)該類底物消化活性大幅下降,此時(shí)需要延長(zhǎng)消化時(shí)間至 2h,并在 1h 時(shí)補(bǔ)加 RNase R 進(jìn)行消化。必要時(shí)將反應(yīng)溫度提高至 45℃,以打開(kāi)含有二級(jí)結(jié)構(gòu)的 RNA 分子。
(2) 對(duì)于含有 highly structured 的 RNAs,RNase R 仍然無(wú)法消化, 稍后將推出 5’-3’的核糖核酸外切酶以解決此類問(wèn)題。
(3) 據(jù)其它文獻(xiàn)報(bào)道,在含有 highly structured 的 RNAs,可放大反應(yīng)體積至 50 μl,可降低二級(jí)結(jié)構(gòu)的影響,從而促進(jìn) RNA 的降解。
(4) 高溫和長(zhǎng)時(shí)間的孵育,可能導(dǎo)致 RNA 的非酶性斷裂(水分子的 H+對(duì)二酯鍵的攻擊)。因此,消化時(shí)間、反應(yīng)溫度均需要根據(jù)特定的實(shí)驗(yàn)進(jìn)行優(yōu)化和調(diào)整。


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PCR基本步驟及注意事項(xiàng)?

一、實(shí)驗(yàn)原理

PCR是體外人工選擇性擴(kuò)增DNA的一種方法,它類似于生物體內(nèi)DNA的復(fù)制。在生物體內(nèi)DNA復(fù)制需要模板、引物、DNA聚合酶、DNA解旋酶、 dNTPs;而體外PCR反應(yīng)同樣需要類似的成分,有模板、引物、PCR Buffer、Taq酶、dNTPs。其中引物是人工設(shè)計(jì)的特定序列,實(shí)現(xiàn)對(duì)特定位置的擴(kuò)增;PCR Buffer提供一個(gè)反應(yīng)的緩沖環(huán)境;反應(yīng)過(guò)程同生物體內(nèi)一樣,DNA雙鏈打開(kāi),引物結(jié)合模板,延伸形成新鏈。而這些過(guò)程在生物體內(nèi)靠DNA解旋酶解鏈,而在體外在通過(guò)控制反應(yīng)溫度實(shí)現(xiàn)的。如常用94℃變性模板DNA打開(kāi)雙鏈,在退火溫度處引物結(jié)合到模板上,最后在72℃完成延伸,并反復(fù)重復(fù)此過(guò)程即可實(shí)現(xiàn)對(duì)特定片段DNA的大量擴(kuò)增。到第三循環(huán)開(kāi)始才產(chǎn)生出和靶DNA區(qū)段相同的DNA分子,進(jìn)一步循環(huán)地產(chǎn)生出靶DNA區(qū)段的指數(shù)加倍。

在擴(kuò)增后期,由于產(chǎn)物積累,使原來(lái)呈指數(shù)擴(kuò)增的反應(yīng)變成平坦的曲線,產(chǎn)物不再隨循環(huán)數(shù)而明顯上升,這稱為平臺(tái)效應(yīng)。平臺(tái)期(Plateau)會(huì)使原先由于錯(cuò)配而產(chǎn)生的低濃度非特異性產(chǎn)物繼續(xù)大量擴(kuò)增,達(dá)到較高水平。因此,應(yīng)適當(dāng)調(diào)節(jié)循環(huán)次數(shù),在平臺(tái)期前結(jié)束反應(yīng), 減少非特異性產(chǎn)物。到達(dá)平臺(tái)期(Plateau)所需循環(huán)次數(shù)取決于樣品中模板的拷貝。

二、主要的成分

1.模板可以是多種形式,主要包括基因組DNA、質(zhì)粒DNA、攜帶病毒的基因組DNA、PCR產(chǎn)物,cDNA等,但不能為RNA。對(duì)于不同類型的模板,其主要不同在于預(yù)變性的時(shí)間以及模板的量。一般對(duì)于大的基因組DNA預(yù)變性時(shí)間10min足夠,質(zhì)粒DNA2min、攜帶病毒的基因組DNA預(yù)變性2min、PCR產(chǎn)物預(yù)變性2min即可。

注意cDNA為單鏈DNA,但仍可做PCR的模板,只不過(guò)在第一輪循環(huán)時(shí)只有一個(gè)引物結(jié)合,合成另一條鏈。從第二輪開(kāi)始,兩個(gè)引物均與特異位點(diǎn)結(jié)合,從而實(shí)現(xiàn)了與常規(guī)PCR的接軌。而同作為單鏈的RNA卻不能進(jìn)行PCR擴(kuò)增,原因就在于實(shí)現(xiàn)PCR反應(yīng)的是DNA聚合酶,只能特意識(shí)別DNA鏈。

2.對(duì)于模版的量來(lái)說(shuō),一般25ul體系DNA的質(zhì)量為50—100ng。對(duì)于基因組DNA由于其結(jié)構(gòu)比較復(fù)雜,提取的濃度也往往比較大,為防止?jié)舛冗^(guò)大對(duì)PCR造成影響,故需對(duì)提取的DNA進(jìn)行梯度稀釋。否則濃度過(guò)高則可能會(huì)引起非特異性擴(kuò)增。對(duì)于質(zhì)粒及PCR產(chǎn)物由于其結(jié)構(gòu)簡(jiǎn)單,且提取濃度一般較低,則無(wú)需稀釋。

PCR實(shí)驗(yàn)中應(yīng)該注意的問(wèn)題有哪些?

沒(méi)有ct值

檢測(cè)結(jié)果遇到?jīng)]有Ct值情況,排查是否有以下問(wèn)題:

1、循環(huán)數(shù)不夠(一般不超過(guò)45循環(huán),不僅背景值提高,定量也不準(zhǔn));

2、PCR程序設(shè)置錯(cuò)誤,檢測(cè)熒光信號(hào)的步驟有誤。一般SG法采用72℃延伸時(shí)采集,TaqMan法則一般在退火結(jié)束時(shí)或延伸時(shí)采集信號(hào),另外熒光采集是否選中;

3、引物或探針降解。可通過(guò)PAGE電泳檢測(cè)引物和探針是否降解;

4、模板量可能降解或上樣量不足(不超過(guò)500ng,根據(jù)試劑盒說(shuō)明書(shū)即可), 對(duì)未知濃度的樣本應(yīng)從系列稀釋樣本的最高濃度做起;如果發(fā)生模板降解,應(yīng)考慮樣本準(zhǔn)備中雜質(zhì)的引入及反復(fù)凍融的情況,建議將模板樣本小量分裝儲(chǔ)備,避免反復(fù)凍融;

5、引物探針是否合適(尤其是引物跨越內(nèi)含子,以確保擴(kuò)增基因組DNA;上下游引物Tm值超過(guò)4℃以上也會(huì)影響擴(kuò)增)。

ct值過(guò)晚

在相對(duì)定量中, Ct值一般控制在15—25之間比較好,如果在絕對(duì)定量中, 對(duì)低拷貝數(shù)的樣品,Ct值會(huì)增大, 但是一般不宜超過(guò)40循環(huán), 否則定量不準(zhǔn)確。

因此,判斷Ct值出現(xiàn)過(guò)晚是否屬于非正常情況, 需要根據(jù)具體實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)和目的進(jìn)行。

1、擴(kuò)增效率低。引物之間或者引物和探針的比例不合適, 需要進(jìn)行優(yōu)化;引物或探針設(shè)計(jì)不合理, 需要重新設(shè)計(jì);

2、PCR程序不合適, 改用三步法進(jìn)行反應(yīng), 或者優(yōu)化退火/延伸溫度, 可以適當(dāng)降低退火溫度; 退火/延伸時(shí)間短(可以在推薦的時(shí)間條件下延長(zhǎng)10s);

3、MgCl2濃度不合適,增加鎂離子濃度等。PCR各種反應(yīng)成分的降解或加樣量的不足;

4、PCR產(chǎn)物太長(zhǎng)。PCR產(chǎn)物設(shè)計(jì)超過(guò)500bp;

5、模板中存在抑制物。用高純度模板進(jìn)行PCR檢測(cè)或?qū)⒛0暹M(jìn)行稀釋。

公司正在出售的產(chǎn)品:

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細(xì)粒棘球絳蟲(chóng)PCR檢測(cè)試劑盒說(shuō)明書(shū)

登革熱ELISA試劑盒 IgG免費(fèi)代測(cè)試劑

休斯新孢子蟲(chóng)PCR檢測(cè)試劑盒價(jià)格

兔源性成分(Rabbit)核檢測(cè)試劑盒

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多配體蛋白聚糖3ELISA試劑盒

豬附紅細(xì)胞體探針?lè)晒舛?/span>PCR試劑盒

歐洲棕色野兔綜合癥病毒探針?lè)晒舛?/span>RT-PCR試劑盒

耳錨蛋白ELISA試劑盒

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諾沃克病毒PCR檢測(cè)試劑盒

法尼基轉(zhuǎn)移αELISA試劑盒

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梅恩君病毒PCR檢測(cè)試劑盒

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毛樣枝孢霉探針?lè)晒舛?/span>PCR試劑盒

防御β131ELISA試劑盒

皮炎外瓶霉PCR檢測(cè)試劑盒直銷(xiāo)

駑巴貝斯蟲(chóng)PCR檢測(cè)試劑盒

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